Taussig bắt đầu thực hành y khoa sau khi hoàn thành chương trình đào tạo thực hành tim mạch với chức danh trưởng khoa thấp tim. Sau đó, Nhà Harriet Lane, là khoa nhi của bệnh viện Johns Hopkins mời bà làm trưởng khoa từ năm 1930 đến năm 1963. Tại đây, Taussig đã nghiên cứu miệt mài chứng thiếu ôxy máu gọi là "hội chứng trẻ tím". Qua những nghiên cứu của mình, Taussig nhận diện được nguyên nhân của chứng bệnh này là do tắc nghẽn một phần dòng máu của động mạch phổi đơn độc hoặc phối hợp với lỗ thủng trên vách liên thất. Bà đã cộng tác với phẫu thuật viên nổi tiếng Alfred Blalock và cộng sự của ông là Vivien Thomas nhằm phát triển một kỹ thuật sửa chữa dị tật này. Kỹ thuật mới được gọi là shunt Blalock-Taussig. Đầu tiên, họ thực nghiệm thành công trên chó và vào năm 1946 bắt đầu tiến hành thực hiện ở trẻ em. Vào năm này, Taussig trở thành phó giáo sư tại Đại học Y Khoa Johns Hopkins và sau đó trở thành giáo sư năm 1959. Năm 1947, Taussig cho xuất bản công trình để đời của mình có tên Những bất thường bẩm sinh ở tim. Đây được xem là cột mốc đánh dấu sự ra đời của tim mạch nhi khoa với tư cách là một lĩnh vực độc lập.[2]

Taussig chính thức nghỉ hưu tại Johns Hopkins vào năm 1963 nhưng vẫn tiếp tục giảng dạy. Ngoài ra, bà vẫn tiếp tục viết những bào báo khoa học (trong số tổng cộng 129 công trình của mình thì có đến 41 công trình được viết sau khi Taussig nghỉ hưu). Bà thúc đẩy việc sử dụng động vật trong nghiên cứu y khoa cũng như ủng hộ cho phép việc phá thai, điều trị giảm nhẹ và điều dưỡng.[2][3] Taussig cũng nghiên cứu các tác hại của thuốc thalidomide ở trẻ sơ sinh vào năm 1967 và điều trần trước Quốc hội về vấn để này sau khi bà trở về từ Đức, nơi bà đã nghiên cứu những trẻ nhũ nhi bị chứng bất thường tay chân nặng nề. Với nỗ lực của bác sĩ Taussig, thalidomide đã bị cấm sử dụng tại Hoa Kỳ và Châu Âu.[2] Vào năm 1977, Taussig chuyển đến một cộng đồng người về hưu ở Quảng trường Kennett, Pennsylvania. Tuy nhiên bà vẫn tiếp tục làm việc nên thỉnh thoảng bà vẫn đi đến Đại học Delaware để thực hiện nghiên cứu khoa học. [cần dẫn nguồn] Taussig là người đi tiên phong trong việc sử dụng kỹ thuật X quang và soi X quang để nghiên cứu những thay đổi tim phổi ở trẻ em.[5] Vào thời điểm cuối đời, bà đang tiếp tục nghiên cứu về ảnh hưởng của di truyền đến các dị tật tim bẩm sinh bằng cách nghiên cứu tim của chim.[2]